Orglets rokokofacade afslutter mod vest kirkens midtskib.

I 1751 forestod viceborgmester Søren Simonsen bygningen af det første orgel, der fungerede indtil 1918.

Siden er orglet ombygget og restaureret flere gange, senest af P.G. Andersen i forbindelse med Sct. Mortens Kirkes 500 års jubilæum i 1994.

Orglet har 52 registre fordelt på 3 manualer og pedal, i alt 3382 piber.