Sct Mortens Kirke er opført i røde munkesten som en del af et stort klosteranlæg i slutningen af 1400 - og begyndelsen af 1500-tallet.

En latinsk indskrift over alteret fortæller, hvornår koret er færdigbygget.

Indskriften lyder således: 1494 byggede prior J dette, eller rettere Gud.

Prior J hentyder til klosterforstander Jens Mathiesen, som også stod bag opførelsen af Helligåndshuset, der var en del af Helligåndsklosteret.

Reformationen bremsede udbygningen af det katolske kloster. Sct. Mortens Kirke blev udnævnt til sognekirke i 1534, to år før det officielle farvel til katolicismen i Danmark.