Barok-altertavlen blev foræret til Sct Mortens Kirke i 1765 af Niels Brock. Den tidligere, trefløjede renæssancealtertavle, blev da solgt til Hald kirke nord for Randers, hvor den stadig kan ses.

Selve alteret er bygget i træ, men malet, så det ligner marmor. Altertavlens maleri flankeres af korintiske søjler og pilastre med forgyldte, bundtede druer, aks og blomster.

Nederst er der tre relieffer, der viser Uddrivelsen af Paradis, Den sidste Nadver og Kongernes tilbedelse.

De to kvindefigurer symboliserer Håbet og Troen. Øverst er anbragt den opstandne Kristus med sejrsfane.

Mellem de to engle i midten ses de kongelige monogrammer - Louise, Frederik 5. og Juliane Marie.

Det nuværende alterbillede er skabt af kunstneren Per Kirkeby. Det blev indviet og taget i brug ved en aftengudstjeneste skærtorsdag i påsken 2004.

Per Kirkeby havde inden da arbejdet i ca. tre år på billedet. På forhånd var det afklaret at billedet skulle tage udgangspunkt i fortællingen om Jesu sidste aften i Getsemane Have, ligesom det tidligere alterbillede forestillede Jesus i Getsemane.

Undervej i arbejdet blev Per Kirkeby ramt af store personlige vanskeligheder, og han fortalte senere at han selv mentalt oplevede Getsemanes angst og forladthed. Dels gennemlevede han en skilsmisse fra sin hustru gennem mange år, dels blev han ramt af alvorlige hjerneblødninger. Han blev dog rask igen og maleriet fuldført.

Maleriet forestiller et aftenlandskab, hvor dødens nærhed er symboliseret med de afhuggede træflader i billedets nederste del. Aftenmørket har sænket sig, i den røde bræmme foroven ses rester af solens gløder. I den øverste halvdel ligger en svær gul træbjælke, symboliserende en hvedemark moden til høst, men også som en mindelse om tværbjælken i langfredagens kors.

I højre del af billedet, lidt under midten, ses en koboltblå skikkelse, der knæler i ensom bøn. Skikkelsen sveder bloddråber i fortvivlelse og dødsangst. Det er Kristus. Når det klare dagslys falder på billedet ses Kristusskikkelse tydeligt, hvorimod den vanskeligt ses i dunkel belysning. For Kirkeby ligger der en pointe heri: Selvom Kristus ikke kan ses i mørket, er han der dog alligevel.

Desuden indeholder billedet mange citater fra historiens mange Getsemane-billeder - fra Oldkirkens kalkmalerier over byzantiske ikoner i nyere fremstillinger i europæisk kirkekunst. Citaterne forbinder sammen med den bibelske fortælling tydeligt billedet med kirkens rum og øvrige fortællinger i øvrigt.

Ved indvielsen af billedet sagde Per Kirkeby, at han med sit maleri havde ønsket " at pege på den tro, der kan bære selv i de mørkester stunder".